Järven pinta on 11,8 metrin korkeudella meren pinnasta. Saaria ja luotoja on parisenkymmentä. Otajärven syvin kohta on 5,5 metriä, joten se on Laitilan syvin järvi. Järven pintaa on laskettu muutamaan otteeseen; kohtalokkain oli 1960-luvulla tapahtunut puolen metrin lasku, jonka jälkeen varsinkin järven Kodisjoen pää on alkanut soistua ja kasvaa umpeen. Otajärvi on luokiteltu yhdeksi Suomen parhaista lintujärvistä.