Varsinais-Suomessa kansalliseen rokotusohjelmaan puutiaisaivotulehdusta vastaan ovat kuuluneet tähän asti Parainen ja Kustavi. Näillä paikkakunnilla asuville kansallisen rokotusohjelman rokotukset ovat maksuttomia ja niihin ovat oikeutettuja kaikki alueen kolme vuotta täyttäneet vakituiset asukkaat ja pitkäaikaiset loma-asukkaat. Nämä maksuttomat rokotteet annetaan kyseisillä paikkakunnilla.
Koska kyseessä on suositus, Uudenkaupungin ja Lokalahden alueella rokote on omakustanteinen. Loma-asukkaiden tulee hoitaa rokotus omalla asuinpaikkakunnallaan.Puutiaisaivokuumerokotetta tarjoavat myös monet yksityiset palveluntuottajat.
Perusrokotussarjaan kuuluu kolme rokotusannosta. Rokotussarja on hyvä aloittaa viimeistään kevään alussa, jotta ennen kesää ehditään antamaan kaksi rokoteannosta. TBE-rokote suojaa vain viruksen aiheuttamalta puutiaisaivotulehdukselta. Rokote ei suojaa muilta punkkien välittämiltä taudeilta, kuten borrelioosilta.